A tuberculose extrapulmonar pode afetar os seguintes órgãos e sistemas: pleura, linfonodos, ossos, articulações, meninges, cérebro, rins, genitália interna, pericárdio, peritônio, intestino etc. A patogênese da tuberculose extrapulmonar varia conforme o órgão acometido. A tuberculose pleural vem da progressão de um foco primário pulmonar subpleural, lançando uma pequena quantidade de bacilos no espaço pleural. Isto leva à uma reação inflamatória exsudativa e a um derrame pleural unilateral inflamatório. A infecção pericárdica tem uma patogênese semelhante.
As meninges geralmente são afetadas durante a disseminação linfo-hematogênica, durante a qual o bacilo penetra no espaço liquórico através dos plexos coróides nos ventrículos cerebrais. A tuberculose óssea, articular, renal e genital são formas pós-primárias da doença. Aqueles focos latentes instalados no momento da primo-infecção são reativados, causando cada uma dessas formas específicas de tuberculose.
A patogênese da tuberculose extrapulmonar será revista adiante em um capítulo específico.